viernes, 29 de marzo de 2019

IMÁGENES DICOM  

Autores: Alba Rimit`sa  Carreon Vergara, Gloria Patricia de los Santos Hinojosa.

¿Qué son las imágenes DICOM?


DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) es una estándar desarrollado en 1983, el Colegio Estadounidense de Radiología (ACR) y la asociación Nacional de Fabricantes eléctricos (NEMA) formó un comité cuya misión era hallar o desarrollar una interfase entre el equipamiento y cualquier otro dispositivo que el usuario quiera conectar.


Un solo archivo de DICOM contiene una cabecera que almacena la información sobre el nombre del paciente, el tipo de exploración, imagen dimensiona, etc. así como todos los datos de la imagen que pueden contener la información en tres dimensiones.



¿Qué son los servidores PACS?

Un servidor PACS es un sistema de almacenamiento digital, transmisión y descarga de imágenes radiológicas.
Los sistemas PACS (Archivos de Imágenes y Sistemas de Comunicación) ofrecen una alternativa en el manejo de imágenes digitales en forma eficiente y a gran escala, a través de dispositivos conectados en red (ver figura Sistemas PACS). El conjunto de estos dispositivos ofrecen una serie de servicios que dan soporte a la operatividad de un área (radiología en el caso de aplicaciones medicas). Entre las características que los sistemas PACS deben ofrecer para obtener una buena aceptación en el medio clínico, se deben considerar: la facilidad, rapidez, seguridad en el acceso de imágenes y la calidad en su presentación.
Las imágenes son transferidas a una estación de trabajo (workstation) para su visualización y emisión de informes radiológicos. El visor PACS es un software que se instala en la estación de trabajo que utiliza el radiólogo para recibir y mostrar las imágenes radiológicas. Las imágenes son archivadas entonces en el servidor PACS para su descarga posterior hacia las estaciones de trabajo.

TEMAS RELEVANTES Y DE INTERÉS.

Un fichero DICOM contiene, por una parte, una cabecera de fichero que almacena información sobre el nombre del paciente, el tipo de escáner, las dimensiones de la imagen, etc., y por otra parte, todos los datos correspondientes a la imagen almacenada.

Los datos de imagen del fichero DICOM pueden ser comprimidos (encapsulados) para reducir el tamaño de la imagen. La compresión puede llevarse a cabo a través de variantes con o sin pérdidas de la compresión JPEG, así como haciendo uso de la codificación Run-Length (equivalente a la compresión por bits empaquetados que se utiliza en los formatos de imagen TIFF).

Estructura de un fichero DICOM:
  • Preámbulo y prefijo identificativo del fichero.
  • Meta-cabecera.
  • Cabecera.
  • Imagen (aunque desde el punto de vista del formato, la imagen es un elemento más de la cabecera).

Servidores PACS

Los servidores PACS ofrecen una serie de ventajas sobre los sistemas tradicionales de informado basados en placas radiológicas. Algunas ventajas son:
  • Reduce el coste radiológico, eliminando la necesidad de disponer y almacenar las tradicionales y altamente contaminantes placas radiológicas.
  • Proporcionan una manera más rápida y confiable de acceder a los históricos de imágenes de un paciente.
  • Los servidores PACS proveen de un sencillo método de integración de las imágenes con el sistema de información hospitalario (HIS). Este hecho posibilita el acceso a toda la información del paciente desde un único punto, lo que redunda en una mejor y más efectiva atención al paciente.

Desarrollos recientes en los Servidores PACS

Integración del Flujo de Trabajo Radiológico con los servidores PACS

Las últimas tendencias incluyen plataformas completamente integradas para RIS y PACS, incorporando funciones de citación y facturación en una base de datos unificada. Estos sistemas también eliminan la necesidad de tener que mapear manualmente los diferentes sistemas, permitiendo la comunicación entre ellos, lo que asegura una alta calidad en el proceso.
Sistema PACS basado en Web para Teleradiología

Los sistemas de Teleradiología han crecido desde un único centro que provee lecturas a unos cuantos hospitales que se comunican entre sí, hasta centros multi sitio de teleradiología distribuidos a lo largo de la geografía, proporcionando servicios a través del mundo entero. Este tipo de configuración requiere soporte para flujos de trabajo multi sitios y distribuidos geográficamente, con sistemas automatizados y coordinados que permitan la secuenciación de las tareas descritas anteriormente.


SITIOS DE ACCESO GRATUITO A IMÁGENES DICOM: 

MicroDicom: Con MicroDicom es posible recuperar listas de pacientes, realizar mediciones y anotaciones, cargar imágenes únicamente arrastrándolas a la interfaz entre muchas otras posibilidades.

RadiAnt:  Generalmente se recomienda para usuarios poco experiemantados en el manejo de herramientas de procesamiento de imágenes médicas. Esto no quiere decir que sus posibilidades sean limitadas; cumple con todas las funciones básicas de un visualizador especializado y soporta todas las modalidades de archivos: TC, RMN, US, MN, Rx y muchas otras. Cuenta con una versión gratuita para Windows. 


FUENTES: 

Capitulo 2. Imágenes medicas. Información obtenida de: http://bibing.us.es/proyectos/abreproy/11854/fichero/Volumen+1%252FCapitulo+2.pdf

¿Qué es un servidor PACS?¿Por qué necesito uno?, Actualmed (2010). Información obtenida de: http://www.actualmed.com/blog/2010/10/20/servidor-pacs-dicom-server/

Cinco Visores DICOM para todas las Plataformas, Imagenologìa Robustiana. Información obtenida de: https://imagenologia.robustiana.com/10-cinco-visores-dicom-gratuitos


martes, 12 de febrero de 2019

BASES DE DATOS EN MEDICINA

 ¿Qué es una base de datos?


Es un conjunto de datos pertenecientes a un mismo contexto y almacenados sistemáticamente para su posterior uso. En este sentido, una Biblioteca puede considerarse una base de datos compuesta en su mayoría por documentos y textos impresos en papel e indexados para su consulta.





Clasificación de las bases de datos

  1. Según la variabilidad de los datos almacenados:

  1. Bases de datos estáticas: Éstas son bases de datos de sólo lectura, utilizadas primordialmente para almacenar Datos históricos que posteriormente se pueden utilizar para estudiar el comportamiento de un conjunto de datos a través del tiempo, realizar proyecciones y tomar decisiones.

  2. Bases de datos dinámicas: Éstas son bases de datos donde la Información almacenada se modifica con el tiempo, permitiendo operaciones como actualización, borrado y adición de datos, además de las operaciones fundamentales de consulta. Un ejemplo de esto puede ser la base de datos utilizada en un sistema de información de una tienda de abarrotes, una farmacia, un videoclub.


b) Según el contenido:
  1. Bases de datos bibliográficas: solo contienen un representante de la fuente primaria, que permite localizarla. Contiene información sobre el autor, fecha de publicación, editorial, título, edición, de una determinada publicación, etc. Puede contener un resumen o extracto de la publicación original, pero nunca el texto completo.
  2. Bases de datos de texto completo: Almacenan las fuentes primarias, como por ejemplo, todo el contenido de todas las ediciones de una colección de revistas científicas.
  3. Directorios: por ejemplo guías telefónicas.
  4. Bases de información química o biológica:  Son bases de datos que almacenan diferentes tipos de información proveniente de la Química, las Ciencias de la vida o médicas. Se pueden considerar en varios subtipos:
  • Las que almacenan secuencias de Nucleótidos o Proteínas.
  • Las bases de datos de rutas metabólicas.
  • Bases de datos de estructura, comprende los registros de datos experimentales sobre Estructuras 3D de Biomoléculas
  • Bases de datos clínicas.
  • Bases de datos bibliográficas (Biológicas, Químicas, Médicas y de otros campos): PubChem, Medline, EBSCOhost.

¿Cuáles son las bases de datos en medicina?


Bases de datos biomédicas de carácter general como Medline, y otras como Aidsline o CancerLit que cubren especialidades concretas, están disponibles a través de Internet.
Actualmente, la mayoría de las bases de datos bibliográficas disponibles en Internet son referenciales, es decir, que ofrecen únicamente la cita bibliográfica del documento original. Esta situación está cambiando, de manera que empieza a hacerse evidente el progresivo incremento de bases de datos que incluyen el texto completo del documento.


Medline y la National Library of Medicine
Desde la página web de la National Library of Medicine (NLM) de Estados Unidos se puede acceder a «NLM's Databases & Electronic Information Sources» (http://www.nlm.nih.gov/databases/databases.html), un listado exhaustivo de las bases de datos gratuitas que este centro tiene accesibles vía Internet.
La consulta de la base de datos Medline desde el servidor de la NLM es gratuita desde junio de 1997. Hay dos vías de acceso:
PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/PubMed/medline.html): acceso a Medline (desde el año 1966 hasta la actualidad) y PreMedline (registros que todavía no se han incluido en Medline).
Internet Grateful Med (http://igm. nlm.nih.gov): permite consultar, además de Medline y PreMedline, las siguientes bases de datos: AIDSLINE, AIDSDRUGS, AIDSTRIALS, BIOETHICSLINE, ChemID, DIRLINE, HealthSTAR, HISTLINE, HSRPROJ, OLDMEDLINE, POPLINE, SDILINE, SPACELINE y TOXLINE.


Otra posibilidad de acceder a Medline es a través de diversas páginas web especializadas en medicina. Establecer el enlace a Medline se ha convertido, para estas páginas, en una manera de dar un servicio de valor añadido. Así pues, el usuario que desea consultar la base de datos puede escoger entre un amplio abanico de opciones, teniendo en cuenta, entre otros, aspectos como los años de cobertura de la base, la interficie de búsqueda o la velocidad de acceso:
HealthGate (http://www.healthgate.com/HealthGate/MEDLINE/search-adv.shtml): acceso a Medline y otras bases de datos de la National Library of Medicine: AIDSLine, AIDSDrugs, AIDSTrials, CancerLit, BioethicsLine y HealthStar.
BioMedNet (http://biomednet.com): ofrece la consulta a Medline desde 1966; también incluye otras bases de datos propias. Es necesario registrarse (gratuitamente) como usuario.
Además de bases de datos referenciales la «Information Technology Branch» de la National Library of Medicine ha desarrollado Health Services Technology Assessment Texts (HSTAT) (http://text.nlm.nih.gov), una base que incluye el texto completo de recursos como directrices de práctica clínica, guías rápidas, informes de la Agency for Health Care Policy and Research (AHCPR), protocolos del Center for Substance Abuse Treatment (CSAT), entre otros.


USO DE OPERADORES


Los operadores son términos y símbolos que van a permitir construir estrategias de búsqueda eficaces. Los operadores principales son:

Operadores lógicos o booleanos
AND recupera referencias con todos los términos de búsqueda
Ej. cholesterol AND diet
OR recupera referencias que contengan uno u otro término
Ej. football OR soccer
NOT recupera referencias que contengan el primer término pero no el segundo
Ej. water NOT contamination
Operadores de proximidad con " " recupera frases o dos o más términos que están uno al lado del otro.
Ej. "physical therapy"
Truncamiento con * al final: recupera todos los términos que tengan la misma raiz.
Ej. enzym* recupera: enzyme, enzymes, enzymology, enzymological, enzymatic, enzymatically






ESTRATEGIAS DE BÚSQUEDA
  • buscar los conceptos clave que definan esas frases cortas, y expresarlos del mayor número de formas posibles empleando sinónimos, variantes gramaticales, etc. Y buscar su traducción al inglés si se van a utilizar recursos en este idioma.
  • traducir los conceptos clave a los términos de interrogación utilizados por el sistema en el que vamos a realizar la búsqueda
  • construir una expresión o ecuación de búsqueda utilizando los operadores booleanos, para buscar en un campo determinado (búsqueda sencilla) o bien en varios simultáneamente (búsqueda avanzada)
  • evaluar y refinar los resultados obtenidos.



Esperemos y esto les haya servido un poco para guiar su investigación en bases de datos en medicina y les vaya bien su semestre :)

BIBLIOGRAFÍA:



Rada G, Gabriel, Andrade A, Maricarmen, Leyton Sch, Virginia, Pacheco V, Cecilia, & Ramos R, Esmeralda. (2004). Search strategies in evidence-based medicine. Revista médica de Chile, 132(2), 253-259. https://dx.doi.org/10.4067/S0034-98872004000200016